Seiring berjalannya waktu, Said Aqil Siradj pun terpilih menjadi Ketua Umum PBNU dengan masa khidmat 2010-2015 dalam Muktamar NU ke-32 yang dilaksanakan di Makassar. Tak hanya itu, ia kembali terpilih menjadi Ketua Umum PBNU dengan masa khidmat 2015-2020 dalam Muktamar NU ke-33 di Jombang.
Sebagai pemimpin organisasi besar, KH. Said Aqil Siradj menekankan bahwa di bawah kepemimpinannya, ia akan konsisten tidak menggunakan NU untuk kepentingan politik apapun. Sebaliknya, agenda yang menjadi prioritasnya adalah ekonomi, pendidikan, dan kesehatan.
KH Said Aqil Siradj selalu menekankan toleransi beragama. Ia selalu menggaungkan pentingnya menghargai perbedaan dan menghormati penganut ajaran lain. Sikap inilah yang kemudian membuat KH Said Aqil Siradj dicintai tak hanya oleh anggota NU tapi juga masyarakat Muslim Indonesia dan dunia.
Tak heran, The Royal Islamic Strategic Studies Center memasukan KH Said Aqil Siradj menjadi salah satu dari 500 muslim paling berpengaruh di dunia. Nama KH Said Aqil Siradj memang sudah masuk dalam daftar tersebut sejak 2010 silam.
Namanya tak pernah absen masuk dalam daftar dalam kurun 12 tahun terakhir. Untuk edisi tahun 2022, KH Said Aqil Siradj menempati urutan ke-19 The World's 500 Most Influential Muslims 2022.
Editor : Maulana Salman